Yhdistyksen toimintaa johtaa ja sen hallituksena toimii johtokunta, jonka puheenjohtaja ja jäsenet valitaan syyskokouksessa kaksivuotiskaudeksi. Johtokunnassa on puheenjohtajan lisäksi vähintään 2 ja enintään 16 jäsentä, ja johtokunnan jäsenten valinta on jaksotettu siten, että joka vuosi täytetään puolet kaksivuotisista johtokuntapaikoista.
Yhdistyksen johtokunta kokoontuu tyypillisesti noin neljä kertaa vuodessa ja osallistumalla johtokunnan työskentelyyn saa hyvän käsityksen yhdistyksen toiminnasta. Johtokunnan tavoittaa sähköpostiosoitteesta kokonaismaanpuolustus@helresp.fi.