Yhdistyksen toimintaa johtaa ja sen hallituksena toimii johtokunta, jonka puheenjohtaja ja jäsenet valitaan syyskokouksessa. Johtokunta kokoontuu tyypillisesti noin neljä kertaa vuodessa ja osallistumalla johtokunnan työskentelyyn saa hyvän käsityksen yhdistyksen toiminnasta. Johtokunnan tavoittaa osoitteella kokonaismaanpuolustus@protonmail.com